Au début de sa carrière, Fréjus a travaillé pour l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) en tant que jeune professionnel, et a également été consultant pour le Centre technique de coopération agricole et rurale (CTA) de l'Union européenne ainsi que pour le Conseil Ouest et Centre Africain pour la Recherche et le Développement Agricoles (CORAF/WECARD). Il a aussi travaillé pour la Fondation pour le renforcement des capacités en Afrique, l'agence spécialisée de l'Union africaine pour le renforcement des capacités.

Fréjus consacre une partie de son temps libre à DagriVest, une entreprise sociale qui renforce l'employabilité des jeunes dans le secteur agricole.

Fréjus Thoto est titulaire d'un doctorat en économie agricole, avec une spécialisation sur les dynamiques entrepreneuriales et le rôle des institutions dans le secteur de l'agrobusiness.